表面活性剂的生物降解是利用微生物把表面活性剂分解转化为二氧化碳和水的过程。此过程可分为：改变物质特性的初级生物降解；转变成二氧化碳和水等无机物的最终生物降解三个阶段。世界经济合作与发展组织规定：初级生物降解>80%，最终生物降解>70%的表面活性剂才允许使用。
降解难易
　　从表面活性剂的化学结构来看，脂基比芳基、直链比支链易降解；极性基团中羧基、磺酸基、硫酸基和乙氧基易降解。因此，直链烷基化合物、烷基醇聚氧乙烯类化合物、烷基多苷类以及生物表面活性剂易降解。
降解机理
　　表面活性剂生物降解机理各不相同。对于直链烷基苯磺酸钠先是烷烃终端甲基、烷基链逐步连续氧化，然后脱磺基、破苯环，最终降解为二氧化碳、水和硫酸根等产物。烷基醇聚氧乙烯类化合物通常要经酯酶、脱氧酶、醚酶等的作用。
展望
　　随着人类环保意识的增强，设计、生产、使用易生物降解的表面活性剂是今后的发展方向。